Segunda Temporada de Moyashimon: La historia trata sobre Tadayasu Sawaki, un joven estudiante que empieza a ir a la universidad de Agricultura de Tokyo, el cual tiene un don un tanto ortodoxo: Puede ver animes los microbios a simple vista. Junto a él, su amigo Yuki Kei le acompañara ver Moyashimon Returns 2012 en su vida estudiantil (si se le puede llamar asi) de la mano de su profesor Itsuki-sensei y la bella Hasegawa-san.
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