Dios esta muerto, y el fin llegara a menos que el angel caido Alexiel pueda reencarnar y prevenirlo. Pero hace años, el cuerpo de Alexiel fue encerrado ver Angel Sanctuary 2000 en un cristal, mientras su alma esta continuamente reencarnando como un humano que morirá ver Angel Sanctuary 2000 en una pronta y violenta muerte, una vez tras otra, como fuera de la sociedad –marginado y rechazado. Esta vez el alma de Alexiel se ha reencarnado dentro de un joven delincuente llamado Setsuna Mudou — el Messiah profetizó que salvaría la humanidad ver Angel Sanctuary 2000 en el Libro Negro de la Revelación. Aunque Setsuna no conoce por la batalla que vendrá entre el cielo y el infierno pero solo por su amor… su hermana Sara Mudou. Empezara la historia de ángeles, demonios y un dios perdido.
